Scientifique de la Shin-Ra. Il remplace dans ses recherches sur Jenova le professeur Gast, avec pour assistance Lucrecia et comme garde du corps Vincent Valentine.
Ayant une relation avec sa collègue Lucrécia Crescent, il devient le père de Séphiroth (Selon certaines théories, il est peut être probable que ce soit Vincent).
Afin d'accomplir ses recherches, il fera des expériences sur son propre enfant, dans le cadre du Projet Jenova: pendant la grossesse de Lucrecia, il injecte dans l'embryon des cellules de Jenova, sans se soucier du sort de l'enfant ni de la mère.
Après l'accouchement, Lucrecia s'enfuit et se cache par peur des cellules de Jénova que contient son corps.
Vincent se fait tuer par Hojo lorsqu'il essaye de le tuer par jalousie. Il deviendra alors un sujet d'expérience d'Hojo avant qu'il l'enferme dans un cercueil. Hojo n'hésitera pas à mettre le monde en péril dans le seul but de prouver sa théorie de la Réunion. Il finira par devenir le propre cobaye de ses expériences en s'injectant à lui même les cellules de Jenova, pour son seul et unique but: découvrir le secret de ces cellules et faire progresser la science, malgré toutes les victimes engendrées. Il se fera finalement tuer par Cloud et son équipe, avant d'avoir pu transmettre à son fils une énergie qu'il aurait voulut examiner.
Hojo est la personnification même de l'égoïsme et de la folie, il n'hésite pas à tuer pour mener à bien ce qu'il entreprend.
Sa folie le pousse à vouloir toujours plus, ce qui finalement le conduira à sa perte...